10X Xenium Explorer1.2软件使用

零、准备

分析前需要下载Xenium Explorer 软件，现在是1.2版本（2023.09）

官网下载地址：https://www.10xgenomics.com/support/software/xenium-explorer/downloads

对电脑性能有要求，软件下载到固态硬盘所在的盘符（实验室Dell工作站C盘），勿放于外部硬盘或NAS

一、打开文件

在Xenium Explorer操作界面”Open New File”选择数据集，选择experiment.xenium打开

二、细胞注释

1.依据样式制做细胞注释csv文件

Xenium目前能检测到单个细胞上的380个基因，注释gene只能选择它提供的，注意Gene是否有别名。

以3946_1F文件为例，检测到的380个gene list在cell_feature_matrix文件夹下，将features.tsv.gz文件解压缩得到“features.tsv”文件

注：Xenium提供的这3个文件不是10X单细胞测序的标准文件，barcodes不是TCGA，不能用read10X读取。

3.Upload Gene Group CSV

4.出现了我们自定义的细胞类型，按需更改颜色和图标；

三、文件信息

3946_1F文件夹下analysis_summary.html 提供了分析初步信息

四、H&E图像导入及对齐

H&E图像需要手动导入到Xenium explorer软件中，并对齐H&E图像与细胞位置图像。

https://www.10xgenomics.com/support/software/xenium-explorer/tutorials/xe-image-alignment

（1）H&E图像从转换为与Xenium Explorer兼容的格式

Xenium Explorer接受的图像文件格式要有.ome.tif后缀

这里是如何制作有.ome.tif后缀的图像文件：https://www.10xgenomics.com/support/software/xenium-explorer/tutorials/xe-image-file-conversion
需要条件

• QuPath 软件（已安装）
• Tifffile Python 库

（2）Image选择Add image,对齐图像

（3）选择图像是否对齐（推荐对齐）

三个选项，见官网教程。通过手动放置6个关键点就可辅助对齐，对齐后即导入成功。

https://www.10xgenomics.com/support/software/xenium-explorer/tutorials/xe-image-alignment

五、选区，下载Transcripts Data

1.手动选区,选择套索工具

1.1选区重命名

2.界面右边栏Transcripts 全勾选，左边栏即可显示信息，点击Selection Transcript Stats 旁边的竖点下载。

3.直接下载得到数据，其中µ显示成了碌，可能是保存为csv时分隔符号的问题。

解决办法：打开空白excel,选择“数据”——“自文本”，UTF-8编码，分隔符号选择逗号，保存为xlsx.

https://zhuanlan.zhihu.com/p/363126524

六、保存

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